Il santuario, di origini tardo cinquecentesche, è il monumento più rappresentativo della città, luogo di un antico culto e meta di pellegrinaggi.
La facciata, con portale ad archi ogivali e rosone, l’interno neogotico sono l’espressione degli ultimi rifacimenti avvenuti agli inizi del secolo XX.
Di grande effetto decorativo la monumentale scala e il pavimento del sagrato a selciato con caratteristici ciottoli di pietra.
Nell’abside della chiesa si trova una grande tribuna marmorea, ornata con statue in marmo e legno, il più fastoso arredo plastico-architettonico del trapanese: al centro di questa è posta la venerata tavola in pioppo raffigurante la “Madonna lactans” (XVI secolo), detta Madonna di Custonaci. Tante sono le leggende legate al culto della Madonna, e le usanze come il “trasporto” della pala nella vicina Erice dal 1568 fino al 1936, anche per invocare la pioggia in tempi di siccità.