L’esistenza della Chiesa è indicata dagli storici locali al secolo XIV (1339), ma è probabile che il primo impianto risalga al secolo XII; subì restauri nel XV secolo, tra il 1430 e il 1436, venne rinnovata e ampliata nel XVII (1631), e nel XVIII fu decorata con stucchi negli altari.
Sullo sfondo scenico del monte Cofano, tra cielo e mare si eleva l’alta cupola, posta all’incrocio della navata unica della chiesa con il transetto: l’ingresso più antico (ad oriente) è segnato da un portale ogivale (sec XIV), a ghiere multiple, decorato con elementi a zig-zag e preceduto da una originale scalinata.
La chiesa, oggi adibita ad auditorium, conserva nel suo interno pregevoli esemplari di scultura rinascimentale riferibili al lombardo Gabriele di Battista, Antonino Gagini e alla bottega gaginesca. Al più famoso dei Gagini, Antonello, appartiene l’elegante statua di San Giovanni Evangelista (1531), posta nel transetto destro, nella cui base sono rappresentati a rilievo il martirio del Santo ed un personaggio in preghiera, forse il committente.
Vi sono sono inoltre esposti i resti di affreschi medievali provenienti dalla chiesa rupestre di Santa Maria Maddalena; degna di nota inoltre la decorazione in stucco degli altari, realizzata nel secolo XVIII, in particolare l’altare di San Vito.
