La Chiesa, il Collegio e la Casa dei Gesuiti formano un suggestivo complesso architettonico che occupa un intero isolato compreso tra corso Vittorio Emanuele e le vie Roma, Tenente Genovese e Mancina.
Alla costruzione attesero sul finire del secolo XVI e gli inizi del XVII i Padri della Compagnia di Gesù, dopo essere stati provvisoriamente ospitati presso la chiesa di S. Michele prima e, successivamente presso la loggia dei Pisani, usufruendo di elargizioni di cittadini trapanesi e di donazioni di immobili da parte di Mariano Mongiardino e del Senato.
Come era in uso presso la Compagnia di Gesù, l’incarico del progetto fu affidato ad un architetto dell’ordine, il messinese Natale Masuccio, autore di opere gesuitiche a Palermo, Caltanissetta, Messina, Sciacca e Malta.
Il Masuccio ideò la chiesa attigua al collegio e comunicante con esso: lasciò isolata la casa per la presenza di una strada che collegava le odierne vie Malato e Lombardo. Tale inconveniente che determinava anche l’impossibilità di realizzare le absidi della chiesa ,indusse nel 1606 il rettore della Compagnia a chiedere al Senato della città la chiusura della strada sì da creare un unico grande complesso che avesse comunicanti la chiesa, il collegio e la casa. Accolta l’istanza (1655 ca.) i tre edifici poterono essere collegati tra di loro.
La facciata della chiesa, completata nel 1657 dall’architetto lucchese Francesco Bonamici, è vivacizzata nel primo ordine da manieristiche cornici, colonne, paraste e da timpani spezzati, rigorosamente disposti; nel secondo si arricchisce di elementi tipici dei coronamenti barocchi: volute, statue ed un finestrone centrale.
L’interno ha una rigorosa planimetria basilicale a tre navate, divise da colonne ed archi a serliana; le pareti sono decorate con marmi mischi e con stucchi eseguiti nel XVIII secolo da Bartolomeo Sanseverino, allievo del Serpotta.
Nel 1714 l’architetto Giovanni Biagio Amico realizzò la cappella di Santo Ignazio, a sinistra dell’abside.
Vi si conservano pregevoli opere tra cui: un’icona marmorea (sec. XVIII) di Ignazio Marabitti, raffigurante l’Immacolata posta sull’altare maggiore; un Crocefisso ligneo di Giuseppe Milanti (sec. XVII). Un pregevole armadio ligneo (sec. XVII) è conservato in sacrestia.
Attigui alla chiesa sono i locali dell’ex Collegio, già sede del liceo Classico “L. Ximenes”, e della Casa Gesuitica (con ingresso su via Roma), ex tribunale.
Il complesso è espressione del modulo architettonico unitario di stampo manieristico creato dai Gesuiti nella seconda metà del sec. XVI, propagatosi da Roma in varie regioni d’Italia e specialmente nel Mezzogiorno, grazie ad un gruppo di architetti e capi muratori della Compagnia.