Edificata nel 1101 come cappella dei Cavalieri Templari e dedicata a San Giovanni Battista, nel 1314 fu concessa da Federico III d’Aragona ai padri Agostiniani che l’ampliarono adattandola allo stile gotico e costruirono un attiguo convento. Dell’assetto originario resta il prospetto con facciata a capanna, portale ad archi ogivali strombati ed un ampio rosone. Sul portale, dentro una nicchia, è collocata una scultura gaginesca raffigurante la Madonna col Bambino (sec. XVI).
Il rosone di chiaro gusto gotico chiaramontano (XIV secolo), molto rimaneggiato, costruito con pietra locale proveniente dalle antiche cave di Pietretagliate, è formato da archetti che intrecciandosi su esili colonnine convergenti nell’Agnus Dei, punto focale di un annuncio cristologico, creano un aggraziato e dinamico movimento.
La chiesa, che nel XVI secolo appartenne al Senato Cittadino, nel XIX secolo fu chiusa al culto e successivamente radicalmente modificata. I bombardamenti del 1943 distrussero l’abside ed una parte della navata, in seguito ricostruite.
Dopo avere assunto la funzione di auditorium è oggi destinata a polo espositivo del Museo diocesano.